Hình khắc một con tàu tại Borobudur, khoảng năm 800. Ngay từ thế kỷ thứ nhất của Công Nguyên các con tàu của Indonesia đã thực hiện các chuyến buôn tới tận Châu Phi.Một xưởng sản xuất chè tại Jakarta khoảng thập niên 1860, thời kỳ Indonesia thuộc Hà Lan

Các di tích hoá thạch của người Homo erectus, thường được gọi là "Người Java", cho thấy quần đảo Indonesia đã có người ở từ hai triệu năm tới 500.000 năm trước.[11]Người Nam Đảo, là cộng đồng dân cư đa số hiện tại, đã di cư tới Đông Nam Á từ Đài Loan. Họ tới Indonesia từ khoảng năm 2000 trước Công Nguyên, và đẩy người Melanesia bản xứ về các vùng xa xôi phía đông khi họ mở rộng lãnh thổ.[12] Các điều kiện nông nghiệp lý tưởng, và nền văn minh lúa nước xuất hiện sớm từ thế kỷ thứ VIII trước Công Nguyên,[13] cho phép các làng mạc, thị trấn và các vương quốc nhỏ dần phát triển từ thế kỷ thứ nhất. Vị trí đường biển chiến lược của Indonesia giúp thương mại nội địa và với nước ngoài phát triển. Ví dụ, các con đường thương mại nối với cả các vương quốc Ấn Độ và Trung Quốc đã được thiết lập từ nhiều thế kỷ trước Công Nguyên.[14] Chính thương mại đã hình thành nên lịch sử Indonesia.[15]

Từ thế kỷ thứ bảy, vương quốc hàng hải Srivijaya hùng mạnh phát triển nhờ thương mại và các ảnh hưởng của Hindu giáo cùng Phật giáo được du nhập vào cùng thương mại.[16] Từ thế kỷ thứ VIII tới thế kỷ thứ X, các triều đại nông nghiệp Phật giáo Sailendra và Hindu giáo Medang phát triển và suy tàn trong vùng nội địa Java, để lại các công trình tôn giáo lớn như Borobudur của Sailendra và Prambanan của Medang. Vương quốc Hindu Majapahit được thành lập ở phía đông Java hồi cuối thế kỷ XIII, và ở thời Gajah Mada, ảnh hưởng của nó đã lan rộng tới hầu hết Indonesia; giai đoạn này thường được coi là một "Thời kỳ Huy hoàng" trong lịch sử Indonesia.[17]

Dù các thương gia Hồi giáo đã lần đầu đi qua Đông Nam Á từ đầu thời kỳ Hồi giáo, bằng chứng sớm nhất về cộng đồng dân cư Hồi giáo tại Indonesia có niên đại từ thế kỷ XIII ở phía bắc Sumatra.[18] Các vùng khác của Indonesia dần chấp nhận Hồi giáo, và nó đã là tôn giáo ưu thế tại Java và Sumatra từ cuối thế kỷ XVI. Ở hầu hết các nơi, Hồi giáo vượt lên và pha trộn với các ảnh hưởng văn hóa và tôn giáo bản địa, hình thành nên hình thức Hồi giáo hiện tại ở Indonesia, đặc biệt tại Java.[19] Những người châu Âu đầu tiên tới Indonesia năm 1512, khi các thương gia Bồ Đào Nha, do Francisco Serrão dẫn đầu tìm cách thâu tóm các nguồn tài nguyên nhục đậu khấu, đinh hương, và hạt tiêu tại Maluku.[20] Các thương gia Hà Lan và Anh nhanh chóng theo chân. Năm 1602, Hà Lan thành lập Công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC) và trở thành một quyền lực lớn của châu Âu. Sau khi bị phá sản, Công ty Đông Ấn Hà Lan chính thức bị giải tán năm 1800, và chính phủ Hà Lan thành lập Đông Ấn Hà Lan như một thuộc địa được quốc hữu hóa.[21]

Sukarno, vị Tổng thống sáng lập Indonesia

Trong hầu hết thời gian của thời kỳ thuộc địa, Hà Lan chỉ kiểm soát vùng đất này một cách lỏng lẻo; chỉ tới đầu thế kỷ XX Hà Lan mới thực sự kiểm soát toàn bộ vùng đất lãnh thổ Indonesia hiện tại.[22] Cuộc xâm lược và chiếm đóng của Nhật Bản sau đó trong Chiến tranh thế giới thứ hai đã chấm dứt thời kỳ cai trị của Hà Lan,[23] và khuyến khích phong trào độc lập từng bị đàn áp trước đó ở Indonesia. Hai ngày sau khi Nhật Bản đầu hàng tháng 8 năm 1945, Sukarno, một lãnh đạo ảnh hưởng theo chủ nghĩa quốc gia, tuyên bố độc lập và được chỉ định làm tổng thống.[24] Người Hà Lan đã tìm cách tái lập quyền cai trị, và cuộc tranh giành ngoại giao và vũ trang đã chấm dứt vào tháng 12 năm 1949, khi đối mặt với sức ép quốc tế, Hà Lan chính thức công nhận nền độc lập của Indonesia[25] (ngoại trừ lãnh thổ Hà Lan Tây New Guinea, đã được tích hợp theo Thoả thuận New York năm 1962, và Đạo luật Tự do Lựa chọn được Liên hiệp quốc uỷ thác).

Sukarno chuyển từ dân chủ sang chủ nghĩa độc đoán, và duy trì cơ sở quyền lực bằng cách cân bằng các lực lượng đối lập trong quân đội, và Đảng Cộng sản Indonesia (PKI).[26] Quân đội âm mưu đảo chính ngày 30 tháng 9 năm 1965, dẫn tới Các vụ giết người tại Indonesia 1965-1966, một phong trào thanh trừng chống cộng trong đó Đảng Cộng sản Indonesia bị cáo buộc âm mưu đảo chính, các đảng viên Cộng sản bị săn lùng và tiêu diệt.[27] Khoảng 500 nghìn tới 1 triệu người bị cho là có liên hệ với Đảng Cộng sản Indonesia đã bị giết hại.[28] Lãnh đạo quân đội, Tướng Suharto, công khai làm suy yếu vị trí chính trị của Sukarno, và được chính thức chỉ định làm tổng thống vào tháng 3 năm 1968. Chính sách Trật tự Mới của ông[29] được chính phủ Mỹ ủng hộ,[30] và khuyến khích đầu tư nước ngoài trực tiếp vào Indonesia, đây là một yếu tố chính dẫn tới ba thập kỷ tăng trưởng kinh tế ổn định sau đó.[31] Tuy nhiên, sự độc đoán của chính sách "Trật tự Mới" bị chỉ trích rộng rãi vì tình trạng tham nhũng và đàn áp chính trị đối lập.

Năm 1997 và 1998, Indonesia là nước bị ảnh hưởng nặng nề nhất của cuộc Khủng hoảng Tài chính châu Á.[32] Điều này càng khiến sự bất mãn của dân chúng với Trật tự Mới gia tăng[33] và dẫn tới các cuộc tuần hành dân chúng. Suharto từ chức ngày 21 tháng 5 năm 1998.[34]

Xung đột sắc tộc ở Indonesia đã mang lại những vụ việc đẫm máu. Vào năm 1965, hàng chục nghìn người Hoa bị giết hại trong phong trào chống Cộng ở Indonesia. Sau sự kiện này, các trường dạy tiếng Trung Quốc bị đóng cửa, chữ viết Trung Quốc bị cấm. Chính quyền cũng cấm người Hoa tổ chức những ngày lễ, tết truyền thống, hạn chế nói tiếng Trung Quốc ở nơi công cộng. Các quan chức cho rằng ngôn ngữ Trung Quốc đối với người Indonesia cũng “nguy hiểm như vũ khí”. Mãi đến thời cựu tổng thống Abdurrahman Wahid, tình hình mới dễ thở hơn cho người Hoa ở Indonesia - họ được phép sử dụng chữ viết của mình và kỷ niệm những ngày lễ, tết truyền thống. Trong cuộc biến động năm 1998, tâm lý thù ghét người Hoa khiến họ bị biến thành mục tiêu của bạo lực. Tháng 5/1998, những phần tử cực đoan đã cướp bóc, đốt tài sản của Hoa kiều, tấn công nhiều người. Gần 170 phụ nữ gốc Trung Quốc bị cưỡng hiếp, hậu quả là 20 người chết[35]

Năm 1999, Đông Timor bỏ phiếu ly khai khỏi Indonesia, sau một cuộc xâm chiếm quân sự dài 25 năm được đánh dấu bởi những lời lên án quốc tế và những vụ đàn áp thường xuyên với người Đông Timor.[36] Từ khi Suharto từ chức, một quá trình tăng cường dân chủ gồm cả một chương trình trao quyền tự trị cho các vùng, và cuộc bầu cử tổng thống trực tiếp năm 2004. Tình trạng bất ổn chính trị và kinh tế, bất ổn xã hội, tham nhũng và chủ nghĩa khủng bố đã giảm sút đáng kể. Dù các quan hệ giữa các tôn giáo và các nhóm sắc tộc phần lớn hài hòa, những vấn đề bất đồng và bạo lực tại một số khu vực vẫn thỉnh thoảng xảy ra.[37] Một cuộc dàn xếp chính trị cho cuộc xung đột vũ trang ly khai ở Aceh đã được thực hiện năm 2005.[38]